Na Yap panuje klimat tropikalny z raczej stałymi temperaturami wahającymi się w granicach 26º do 32ºC i wysoką wilgotnością. Temperatura wody przez cały rok wynosi około 28ºC. Najlepszym sezonem do nurkowania jest okres od grudnia do maja, gdy opady są mniej obfite i jest nieco chłodniej. W pozostałych miesiącach (pora deszczowa) można się spodziewać częstszych, ale przelotnych opadów. Widoczność na otwartych akwenach sięga nawet 50 metrów, w miejscach, gdzie się nurkuje z mantami średnio wynosi 20 metrów.