Nurkowania na Wakatobi dostępne są przez cały rok. Warunki różnią się jednak w poszczególnych miesiącach.
Styczeń  - marzec to okres, gdy niebo jest często pokryte chmurami i mogą się zdarzyć tropikalne burze. Morze jest jednak spokojne a woda bardzo ciepła – 28-29°C.
Kwiecień – czerwiec oraz wrzesień – grudzień to najlepsze okresy na wizyty na Wakatobi. Morze jest gładkie jak lustro, opady znikome, a widoczność dochodzi nawet do 45 metrów. Woda ma temperaturę ok 29°C.
Lipiec i sierpień to najsłabsze miesiące na Wakatobi. Morze bywa wzburzone, a widoczność spada. Jest to również najchłodniejsza pora roku. Woda ma temperaturę 26-27°C.