Pogoda na Bonaire jest bardzo dobra przez cały rok. Średnia temperatura powietrza wynosi 29°C, a wody oscyluje między 27 - 28°C. Wyspa leży poza zasięgiem huraganów.

Trudno wyróżnić  sezon specjalnie sprzyjający nurkowaniu. Latem temperatura wody osiąga nawet 30°C, natomiast spada wtedy nieznacznie widoczność, do ok. 20 metrów. Najlepsza widoczność dochodząca do 50 metrów jest zimą, ale wtedy temperatura wody wynosi ok. 24°C.