Na wyspach Bay Islands panuje szczególny mikroklimat. Przez cały rok jest ciepło i wilgotno. Średnia temperatura powietrza wynosi 29°C, ale kilka razy do roku przechodzi tędy zimny front i robi się nieco chłodniej (18-20°C). Temperatura wody waha się między 27 a 31°C. Pora deszczowa trwa od października do stycznia. Najlepszy czas na nurkowanie to miesiące od marca do września. Między lutym a majem istnieje największe prawdopodobieństwo spotkania rekinów wielorybich. Od czerwca do listopada zdarzają się huragany.